網(wǎng)上有很多關(guān)于pos機使用教程ppt下載,「免費軟件推薦」Chimera繪制蛋白相似結(jié)合口袋比較圖的實用教程的知識，也有很多人為大家解答關(guān)于pos機使用教程ppt下載的問題，今天pos機之家(m.dprolou.com)為大家整理了關(guān)于這方面的知識，讓我們一起來看下吧!
本文目錄一覽：
pos機使用教程ppt下載
Chimera簡介
UCSF Chimera是一個可高度延伸的程序，用于分子結(jié)構(gòu)和相關(guān)數(shù)據(jù)的交互式可視化和分析。主要包括：密度圖，超分子組合，順序排列，對接結(jié)果，軌跡和構(gòu)象整合。也可以生成高質(zhì)量圖像和動畫。Chimera包括完整的程序說明書和幾個教程。學(xué)術(shù)，政府和非營利機構(gòu)和個人使用者可以免費下載。
下載方式
UCSF Chimera為免費軟件，本例中使用的版本為Chimera-1.15，可根據(jù)電腦系統(tǒng)選擇下載，下載地址如下：
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
此外，也可下載ChimeraX，功能基本相同，命令使用上有細微差別，下載地址如下：
http://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/download.html
操作演示
本期內(nèi)容為大家分享如何利用Chimera來繪制活性位點類似的兩個蛋白的結(jié)構(gòu)比對圖，我們以β-1,4-聚糖酶（PDB ID：1EXP）和纖維生物水解酶I（PDB ID：1CEL）為例進行演示。
結(jié)構(gòu)疊合
打開軟件后，通過菜單欄點擊Favorites>Command Line打開命令行；
輸入命令導(dǎo)入蛋白結(jié)構(gòu)：
Command：open 1expCommand：open 1cel
也可通過菜單欄的File>open...來導(dǎo)入本地文件，或Fetch by ID...來下載蛋白結(jié)構(gòu)；
使用focus命令使蛋白居中顯示；
Command：focus
1cel蛋白包含兩個亞基，A鏈與B鏈，我們將B鏈刪除，只保留A鏈；
Command：delete :.bCommand：focus
使用ribbons（顯示為絲帶狀）預(yù)設(shè)，然后暫時先將所有的原子和鍵隱藏；
Command：preset apply int 1Command：~disp
更改配色方案，將1exp顯示為金色，1cel顯示為青色，并修改背景色更改為白色；注意1exp對應(yīng)Model 0，1cel對應(yīng)Model 1；
Command：color gold #0Command：color cyan #1Command：background solid white
下面我們展示兩個蛋白的活性區(qū)域殘基，并基于這些殘基對蛋白結(jié)構(gòu)進行疊合。在本例中，1exp中活性殘基包括W84、N126、E233、Y171以及H205，1cel包含的殘基包括W367、N141、E217、Y145以及H228?？梢宰⒁獾絻蓚€蛋白中的這些氨基酸殘基的類型是相同的，依次輸入以下命令來進行疊合和展示，注意殘基類型和順序應(yīng)保持一致；
Command：alias site1 #0:84,126,233,171,205Command：alias site2 #1:367,141,217,145,228Command：alias both site1 | site2Command：disp bothCommand：match iterate 2.0 site2 site1
繪圖調(diào)整
此時，可以注意到蛋白結(jié)構(gòu)已經(jīng)疊合完成，且我們需要顯示的氨基酸殘基以棒狀結(jié)構(gòu)進行了展示，當(dāng)然，這個圖不夠清晰的展示兩個結(jié)構(gòu)活性位點的差異性，我們需要進一步調(diào)整。
輸入以下命令居中顯示并修改顏色方案：
Command：focus bothCommand：color byhet
通過增加細分，使棒狀和絲帶狀結(jié)構(gòu)顯示的更加平滑；
Command：set subdivision 10
下面我們更改一下絲帶狀結(jié)構(gòu)的透明度以突出主體部分，使顯示的更加清晰明了，輸入以下命令，設(shè)置透明度為75%；
Command: transparency 75,r
注意命令里的“r”為“ribbons”的縮寫，這樣我們就可以只更改Ribbons的透明度而不影響其他結(jié)構(gòu)。
此時，可能會覺得透明度似乎不均勻，有些局部過亮，透明的表面在側(cè)視時看起來比正面更不透明，不是很自然，可以通過以下命令來解決；
Command：set flatTransparency
還可以調(diào)整一些細節(jié)，如側(cè)鏈棒狀結(jié)構(gòu)末端為圓形，可以通過以下命令將這些末端弄平；
Command：repr wire @ca
還可以對絲帶狀結(jié)構(gòu)進行更多細節(jié)的調(diào)整，通過在菜單欄點擊Tools>Depiction> Ribbon Style Editor打開Ribbon Style Editor窗口，在這里可調(diào)整參數(shù)來改變螺旋、折疊等結(jié)構(gòu)的厚度、寬度等，本例中調(diào)整如下，大家可根據(jù)自己需要進行調(diào)整；
調(diào)整時可通過點擊“Apply”按鈕來應(yīng)用設(shè)置，通過多次調(diào)整來獲得想要的結(jié)果。通過點擊Save As可對調(diào)整后的參數(shù)進行保存，下次使用時，可以通過直接應(yīng)用命令來直接應(yīng)用設(shè)置，如我們保存命名為“slim”，則可通過下面命令直接應(yīng)用；
Command：ribscale slim
我們可以通過鼠標(biāo)進行旋轉(zhuǎn)、放大縮小、移動等操作，來獲得一個比較合適的視角，在不斷的調(diào)整過程中，如果能夠及時保存某個合適視角，那就不需擔(dān)心前面工作以及視角的丟失了?？梢酝ㄟ^以下命令來分別保存和恢復(fù)視角；
Command：savepos closeupCommand：reset closeup
作圖時，可能需要兩個分開的蛋白結(jié)構(gòu)并排顯示，比如我們將1exp沿X軸向左移動一定距離，而將1cel沿X軸向右移動一定距離，即可使兩個蛋白結(jié)構(gòu)并排顯示，可通過以下命令來實現(xiàn)；
Command：move x -25 models #0Command：move x 30 models #1
同樣的，將該視圖保存一下，之后如果需要恢復(fù)，可以很方便的找到；
Command：savepos sidebyside
現(xiàn)在我們恢復(fù)到前面蛋白疊合的視圖，我們前面將其保存為“closeup”，那么通過以下命令恢復(fù)該視圖；
Command：reset closeup
如果需要添加標(biāo)簽，可以輸入以下命令顯示Label，并將標(biāo)簽放置在α-碳附近，而不是殘基中心；
Command：rlab @/displayCommand：setattr m residueLabelPos 2
可通過菜單欄Actions>Label對標(biāo)簽的顯示樣式進行更改，如通過Actions>Label>residue>custom來自定義顯示信息；
可通過Actions>Color對標(biāo)簽顏色進行更改；
如需對標(biāo)簽進行移動，可通過菜單欄Favorites>Preferences打開設(shè)置窗口；
在Category右側(cè)的下拉菜單中選擇Mouse，對鼠標(biāo)按鍵進行設(shè)置，如修改Label對應(yīng)的Button為1，點擊Save，之后便可以通過鼠標(biāo)左鍵對標(biāo)簽進行移動；
使用完成后修改回原設(shè)置即可，當(dāng)然也可修改其他的按鍵。
實際上，使用Chimera進行標(biāo)簽大小、字體、顏色、輪廓線等的調(diào)整并不十分方便，一木比較推薦使用其他工具如PS、AI、PPT等工具另加標(biāo)簽。這里我們先將標(biāo)簽隱藏，輸入以下命令；
Command：~rlab
保存圖片
圖片繪制完成后，就可以對圖片進行保存了，通過windowsize命令可調(diào)整窗口的大小，來獲得精確長寬的圖片；
Command：windowsize 1100 870
通過菜單欄點擊File>Save Image，然后選擇文件保存位置和圖片格式，一般選擇.png格式，然后點擊Save保存即可。
通過不同圖片的組合，我們可以得到不同的展示效果，如這里我們借助PS進行了圖片組合，展示了兩個蛋白的整體結(jié)構(gòu)和活性位點的差異性，當(dāng)然這里我們只是簡單的進行了標(biāo)識，實際應(yīng)用中可以增加更多的標(biāo)識來進行圖片的說明，大家可以根據(jù)自身的需求，靈活應(yīng)用軟件來繪制各式的圖片。
總結(jié)
本期一木以β-1,4-聚糖酶和纖維生物水解酶I兩個蛋白晶體結(jié)構(gòu)為例，為大家分享了在UCSF Chimera軟件中繪制兩個蛋白相似結(jié)合口袋的比較圖的詳細步驟，大家可根據(jù)自身需求繪制更多好看的圖片。當(dāng)然，UCSF Chimera的功能遠不止于此，之后一木會分享更多的UCSF Chimera使用教程，敬請期待~
以上就是關(guān)于pos機使用教程ppt下載,「免費軟件推薦」Chimera繪制蛋白相似結(jié)合口袋比較圖的實用教程的知識，后面我們會繼續(xù)為大家整理關(guān)于pos機使用教程ppt下載的知識，希望能夠幫助到大家！
